在12×01《The Final Chapter: The Hope in the Horror》中，故事紧接上季结尾——Brennan被前任助理Zack Addy（Eric Millegan）绑架，Booth和实验室的其他成员想方设法寻找她。Zack远程控制了所有的监控录像，这给他们带来了大麻烦。或许Brennan仍然被Zack隐藏在杰斐逊学院内？无论如何，虽然他们最终救出了Brennan，但这只是更大危机的开始。在12×02《The Brain  in the Bot》中，一个人工智能机器人的制造者被人杀害，调查组怀疑他死于自己的人工智能机器人……但这些机器人被编入了恶意程序。在12×03《The New Tricks in the Old Dogs》中，某酸性物质倾倒场中惊现一具老人尸体，Booth、Brennan和实习助手们在调查中卷入了复杂的养老院纠纷。

Ed Asner将在终结季里扮演Mike Mancuso，一个看起来很和蔼，事实上很狡猾、很虚伪、很奸诈的两面派，聪明过人。Hal Holbrook将扮演海军陆战队老兵Red Fletcher，沉默寡言但为人坚强……就像是40年后的Booth。June Squibb扮演一个养老院的住户，谁也招惹不起。
制片人在多种场合下暗示，第12季这12集或许不是该剧的完结，该剧可能还有生命力——像《24》、《X档案》、《越狱》一样，续拍一个短季（重聚季）是很现实的。